2009年5月19日凌晨，警方接到舉報，朝陽區Coco banana歌舞廳有人聚眾吸食毒品，警方立刻趕到現場，并在一間包房內找到包括滿文軍夫婦在內的10余人，他們正在包廂內吸食毒品，經尿檢，均呈陽性，隨后滿文軍被警方行政拘留14天，其妻李俐因涉嫌提供毒品被警方刑事拘留。

    2009年6月8日中午12：00，北京電視臺科教頻道《法治進行時》欄目播出有關滿文軍涉毒的節目，滿文軍本人現身節目現場，向全社會公開道歉，節目中，滿文軍說：對喜歡我的朋友說聲對不起，并承諾先做好人，再唱好歌。同時他表示這是他在40歲時遭遇的最大的坎兒，可以使他今后40年的生活更成熟，更穩健。

    因為吸毒事件，導致滿文軍人氣大跌，也令他的復出之路充滿艱辛，先是被撤消腦癱康復項目愛心公益大使，接下來中國音樂金鐘獎流行音樂大賽取消滿文軍評委資格，隨后他欲借安徽衛視某大型公益晚會節目邁出自己復出的第一頻，但被安徽衛視婉拒認為他不符合形象。

    2009年11月7日，出獄后，他首度現身成都，為某樓盤“站臺”演唱，當天出場的滿文軍的一頭花白頭發惹爭議，歌迷說涉毒后壓力太大所致，而有知情人卻稱其白發是故意染的為了博同情，同年底，滿文軍參加安徽衛視元旦晚會錄制，在現場眼含熱淚深情演唱成名作《懂你》，而出場費卻不到10萬元。