翁同龢是光緒皇帝的老師，朝中帝黨之領袖，也是光緒變法維新的主要支持者。然而就在變法開始時，《明定國是》詔頒布的第五天，翁同龢突然被罷職了。一些史料將他被逐的原因歸結于慈禧，說由于他支持光緒變法而被慈禧視為眼中釘，趕走翁同龢，等于切掉光緒的臂膀，目的是扼殺變法、迫害光緒。然而，歷史的真實情況卻不是這樣的。歷史學家吳相湘根據翁同龢的日記得出結論：趕走翁同龢的不是慈禧，而恰恰是光緒本人。原因很簡單：當時光緒已經對他失去信任，并產生了反感。

    首先是當時輿論對翁同龢不利。外界傳聞翁同龢與李鴻章、張蔭桓受俄國之賄。當時俄國使臣分別私下與李鴻章、張蔭桓、翁同龢密商，答應送每人五十萬兩銀子，條件是他們保證中國向俄國借債。在這件事上，翁同龢心存顧忌，沒有接受賄賂，但是輿論已嘩。交章之下，慈禧和光緒已然相信翁同龢不干凈。

    其次，翁同龢自恃為皇帝老師，在光緒面前知無不言，甚至當面反對光緒的意見。光緒皇帝因甲午戰敗，又有青島旅大被德俄兩國分別強租，迫切感到非變法不能圖強，銳意改革，學習西方。而翁同龢仍墨守成規，惹光緒不懌。比如光緒打算在宮里接見外國使臣，翁同龢認為不可。戊戌年農歷閏三月二十三日，光緒接受慈禧的指示“今宜專講西學”，“圣意堅定”。而翁同龢則認為：“西法不可不講，圣賢義理之學尤不可忘”。他根據這一基本思想為光緒起草的“定國是詔”，沒有被通過。

    再次，在對康有為的評價上，翁同龢前后不一。他曾經在光緒面前說康有為勝過他百倍。然而后來，他又對光緒說：“此人（按：指康有為）心懷叵測。”光緒問他：此前你怎么不這么說？翁答：因為最近看了康寫的《孔子改制考》才知道的。

    光緒對這位老師不時“發怒詰責”等跡象表明，光緒已經不再寵信翁同龢，準備起用別人取代他了。戊戌年農歷四月二十七日，是翁同龢任協揆（即協辦大學士）一周年的紀念日，皇帝和太后在此之前也給了他優渥的賞賜。這一天，翁同龢正準備入朝謝恩呢，不料，太監傳話：別的人進去，翁某就不要進去了。不一會兒，朱諭下頒：

    “協辦大學士翁同龢進來辦事多不允協，以致眾論不服，屢經有人參奏，且每于召對時，咨詢事件任意可否，喜怒見于辭色，漸露攬權狂悖情狀，斷難勝？樞機之任。本應察明究辦，予以重懲，姑念其毓慶宮行走有年，不忍遽加嚴譴，翁同龢著即開缺回籍，以示保全。欽此。”

    據陳夔龍《夢蕉亭雜記》：這一諭旨有如“霹靂一聲，朝野同為震駭”。

    翁同龢本人也覺得非常意外，不敢相信這一事實。第二天中午，翁同龢等候在光緒退朝經過的宮門口，待光緒到來時在道旁叩頭，希望事情有所轉圜。但是光緒只是回頭看了他一眼，卻沒有說話。翁同龢“黯然如夢”，只好走上了回原籍之路。